لاک‌پشت‌های نینجا پس از سال‌ها پنهان شدن از دنیای انسان‌ها، حال تصمیم گرفته‌اند قلب مردم نیویورک را به دست آورده تا به عنوان نوجوانانی عادی پذیرفته شوند. اما زمانی که با ارتشی از جهش یافته‌ها روبرو می‌شوند، همه چیز تغییر کرده و ....